to forma izolacji rozrodczej, w której struktury rozrodcze osobników różnych gatunków są niezgodne pod względem budowy anatomicznej. W wyniku tego zapłodnienie staje się niemożliwe, mimo że osobniki żyją w tym samym środowisku i mogą wykazywać zachowania godowe. Izolacja mechaniczna stanowi skuteczną barierę prezygotyczną, zapobiegającą krzyżowaniu się blisko spokrewnionych gatunków. W ten sposób wspiera proces specjacji.