to najniższa część zarodka rośliny lub siewki znajdująca się pomiędzy korzeniem zarodkowym a liścieniami. W czasie kiełkowania ulega wydłużeniu, unosząc liścienie ponad powierzchnię gleby w przypadku kiełkowania nadziemnego (epigeicznego). W kiełkowaniu podziemnym (hipogeicznym) hipokotyl pozostaje krótki i nie wydłuża się. Struktura ta odgrywa kluczową rolę w początkowym etapie rozwoju siewki, umożliwiając właściwe umiejscowienie organów młodej rośliny. Zbudowany jest z delikatnych, jeszcze niezdrewniałych tkanek, podatnych na czynniki środowiskowe, takie jak światło i temperatura.