to silnie skondensowana forma chromatyny, występująca w jądrze komórkowym obok euchromatyny. Zawiera fragmenty DNA, które są w większości nieaktywne transkrypcyjnie. Dzieli się na konstytutywną, występującą zawsze w określonych regionach chromosomów, oraz fakultatywną, która może zmieniać stan kondensacji. Struktura heterochromatyny odgrywa istotną rolę w utrzymaniu stabilności genomu i regulacji ekspresji genów.