to specyficzne sekwencje DNA wykorzystywane jako punkty odniesienia w badaniach genetycznych, mapowaniu genomu i identyfikacji innych genów. Są one łatwo wykrywalne dzięki znanej lokalizacji lub charakterystycznemu fenotypowi, np. oporności na antybiotyki w inżynierii genetycznej. Markery genetyczne umożliwiają śledzenie dziedziczenia określonych cech, wykrywanie mutacji lub analizę zmienności genetycznej. W badaniach molekularnych stosuje się różne typy markerów, m.in. mikrosatelity, SNP oraz geny reporterowe.