to geny, których produkty mogą hamować lub modyfikować ekspresję innych, niesprzężonych genów zwanych genami hipostatycznymi. W takim przypadku fenotypowy efekt genu hipostatycznego nie ujawnia się mimo jego obecności, ponieważ jest maskowany przez działanie genu epistatycznego. Epistaza może być dominująca (gdy dominujący allel blokuje ekspresję innego genu) lub recesywna (gdy wymagana jest obecność dwóch alleli recesywnych). Zjawisko to odgrywa ważną rolę w dziedziczeniu złożonych cech i interakcjach między produktami różnych genów. Przykładem może być dziedziczenie umaszczenia u psów czy roślin.