dziedzina biologii zajmująca się badaniem pokrewieństwa ewolucyjnego organizmów na podstawie analizy sekwencji DNA, RNA lub białek. Metody molekularne pozwalają na odtworzenie drzewa filogenetycznego z dużą dokładnością, niezależnie od cech morfologicznych. Filogenetyka molekularna umożliwia śledzenie ewolucji genów, gatunków i całych grup organizmów oraz identyfikację wspólnych przodków.