Białkowe enzymy, które rozpoznają i przecinają określone sekwencje DNA (najczęściej od 4 do 8 par zasad). Są wykorzystywane w technikach molekularnych, takich jak PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy), elektroforeza, klonowanie genów czy analiza DNA. Obecne w bakteriach, enzymy restrykcyjne pełnią kluczową rolę w obronie przed infekcjami wirusowymi. Bakterie używają ich do rozpoznawania oraz niszczenia obcego DNA.