Mikroorganizmy, które żyją wewnątrz tkanek roślin. Mogą one korzystnie wpływać na rośliny, poprawiając ich zdolność do przyswajania składników odżywczych oraz zapewniając ochronę przed patogenami lub czerpać od nich wodę i substancje odżywcze. Wyróżnia się wśród endofitów mikroorganizmy pasożytnicze (roślina pełni funkcję żywiciela), komensale i symbionty. Przykład to bakterie z rodzaju Rhizobium, które tworzą symbiotyczne związki z korzeniami niektórych roślin strączkowych.