Potomstwo powstałe z pojedynczych komórek (klony). W trakcie przygotowywania i utrzymywania czystych kultur, szczególną uwagę zwraca się na unikanie kontaminacji z innymi mikroorganizmami lub czynnikami zanieczyszczającymi. Czyste kultury są niezbędne w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji i charakteryzacji mikroorganizmów odpowiedzialnych za choroby. W przypadku mikroorganizmów, takich jak bakterie, czyste kultury są uzyskiwane poprzez jednokrotne przeszczepienie pojedynczej komórki na nową pożywkę lub poprzez rozcieńczanie próbki, aż zostaną uzyskane kolonie jednolitego gatunku. W przypadku hodowli komórek roślinnych lub zwierzęcych wykorzystywane są odpowiednie techniki, takie jak klonowanie lub wybór odpowiednich komórek macierzystych.