Specyficzny obszar enzymu, obecny w obrębie apoenzymu. Jest utworzony przez kilka grup funkcyjnych aminokwasów ułożonych w odpowiednią konformację przestrzenną. Stanowi miejsce, w którym dochodzi do bezpośredniego połączenia enzymu z substratem. Po przyłączeniu substratu dochodzi do powstania kompleksu enzym-substrat. Kompleks ten umożliwia przebieg reakcji chemicznych przy obniżonej energii aktywacji. Interakcje między centrum aktywnym a substratem są kluczowe dla procesu katalizy enzymatycznej.