Mikroorganizmy, które pozyskują potrzebne składniki odżywcze i rozmnażają się kosztem swojego gospodarza, co prowadzi do wystąpienia u żywiciela różnych
dysfunkcji oraz chorób. Bakterie pasożytnicze wykazują zdolność do kolonizowania organizmu gospodarza, przenikania do jego tkanek, wywoływania infekcji i konkurują z nim o zasoby czy pożywienie. Przykłady bakterii: Mycobacterium tuberculosis (wywołuje gruźlicę), Enterobius vermicularis (wywołuje owsicę), Giardia intestinalis (wywołuje lambliozę).