Mikroorganizmy, które nie potrzebują obecności tlenu do przeżycia oraz prawidłowego wzrostu i rozwoju. Wyróżnia się beztlenowce bezwzględne (tlen jest dla nich toksyczny) oraz beztlenowce względne (potrafią funkcjonować przy braku lub w obecności tlenu). Bakterie te mogą być odpowiedzialne za różne procesy biochemiczne np. fermentację oraz odgrywają rolę w rozwoju chorób, w których występuje ograniczony dostęp do tlenu. Przykłady: Clostridium (wywołuje m.in. tężec), Actinomyces, Lactobacillus.