Antygen własny danego organizmu, który występuje w prawidłowych tkankach, m.in. w układzie MHC czy układzie grup krwi. W zdrowym organizmie autoantygeny nie są rozpoznawane przez komórki układu odpornościowego, co oznacza, że nie wywołują one reakcji immunologicznej (autotolerancja). Jest to istotne w przypadku np. autogenicznych przeszczepów szpiku kostnego, pozwala na wszczepianie własnych tkanek temu samemu organizmowi. Układ odpornościowy może stać się nadwrażliwy na własne antygeny, co zazwyczaj prowadzi dochorób autoimmunologicznych.