Białkowa część enzymu, forma nieaktywna. Aby apoenzym mógł pełnić funkcję enzymu, musi połączyć się z grupą prostetyczną lub koenzymem. Prowadzi do utworzenia aktywnego kompleksu enzymatycznego – holoenzymu, zdolnego do przyspieszania reakcji chemicznych w organizmach. Apoenzym określa swoistość enzymu i może decydować o rodzaju reakcji przez niego katalizowanej.