Proces wytwarzania amoniaku (NH3) i jonów amonowych (NH4+), zachodzący w wyniku rozkładu związków organicznych bogatych w azot (np. białka, kwasy nukleinowe). Źródło tych związków stanowią szczątki roślinne i zwierzęce, a także odchody zwierząt. Przebieg procesu jest możliwy dzięki aktywności odpowiednich drobnoustrojów – bakterii amonifikacyjnych. Amonifikacja jest pierwszym etapem cyklu azotowego, polega on na przekształceniu związków azotu organicznego w amoniak. Związek ten jest niezbędnym składnikiem odżywczym dla roślin, stanowi dla nich łatwo przyswajalną formę azotu, którą mogą pobierać z gleby lub wody. Proces ten do swojego przebiegu nie wymaga warunków tlenowych.