Allele występujące w populacji w więcej niż dwóch formach. W przeciwieństwie do alleli dominujących i recesywnych, gdzie jedna forma allelu dominuje nad inną, allele wielokrotne mają kilka równorzędnych form. Żadna z postaci allelu nie dominuje nad innymi, mogą one współdziałać i wpływać na fenotyp w różny sposób. Przykład alleli wielokrotnych stanowi grupa krwi u ludzi w układzie AB0.