Allele, które będą ujawniać się tylko wtedy, gdy osobnik będzie posiadał dwie kopie allelu (homozygota recesywna). Allele recesywne są maskowane przez allele dominujące. Charakteryzują się tym, że nie wpływają na fenotyp, gdy są obecne tylko w jednej kopii. Przykłady alleli recesywnych to np. allele odpowiedzialne za niebieski kolor oczu, rude włosy czy grupę krwi 0.